朱由检同样也在思索这个问题，并且一直在追查：
“叛乱是谁发起的？”
“幕后都有什么人？”
锦衣卫掌印、提督北司房情报中心的郑士毅道：
“臣在收到消息后一直在调查。”
“但是至今为止，尚未发现幕后之人。”
“明面上掀起叛乱的，就是那几个受打击的民间宗教，以及去年被打击的盗匪。”
朱由检“唔”了一声，说道：
“你也说是明面上，这件事背后一定有人。”
“否则他们不可能聚起来，也不可能闹出这么大动静。”
又向提督东厂的秉笔太监王永祚道：
“你把东厂调查出来的情况，向郑掌印说一遍。”
“让他知道锦衣卫在这次叛乱中，都有什么疏漏。”
王永祚负责的东厂，本就有监督锦衣卫的责任。